Το μέγεθος του ναού του Αγίου Μύρωνα που είναι εντυπωσιακό ,δηλώνει ότι δεν πρόκειται για το αφιέρωμα ενός έστω εξέχοντος προσώπου της κρητικής άρχουσας τάξης ,αλλά για ένα επισκοπικό ναό. Τον επισκοπικό χαρακτήρα του ναού αποδεικνύει και η ύπαρξη του σύνθρονου με τον επισκοπικό θρόνο.
Πρόκειται για μια σειρά καθισμάτων για τους κληρικούς στο ιερό βήμα, πίσω από την αγία Τράπεζα. Το σύνθρονο δεν απαντάται πολύ συχνά σε εκκλησίες αυτής της περιόδου και αυτό είναι ένα στοιχείο που δίνει ακόμα μεγαλύτερη ιστορική σημασία στο ναό του Αγίου
Οι δυο εξωτερικές όψεις του ναού διαρθρώνονται από τυφλά αψιδώματα ,χαρακτηριστικό της αρχιτεκτονικής της Κωνσταντινούπολης ,κατασκευασμένα από πελεκητούς πωρόλιθους. Τα τόξα των αψιδωμάτων είναι πετολόσχημα ,σχήμα που οφείλεται σε αραβική επίδραση και συναντάται στην ελλαδική σχολή αρχιτεκτονικής.
Στο εσωτερικό του ναού, δεξιά όπως μπαίνει ο επισκέπτης στο ιερό, υπάρχει ο τάφος του Αγίου. Είναι περίπου 50εκατοστα ψηλότερος από το δάπεδο της εκκλησίας και σκεπάζεται με μαρμάρινη πλάκα πάνω στην οποία με κεφαλαία γράμματα είναι χαραγμένη η επιγραφή:
<< Μύρωνα ‘Ιεράρχην ο̆ λιθος ου̌τος καλυπτει ο̆΄ν ε̌γρηγοροτα μεν Κνωσσος ως επισκοπών ετίμα καθευδόντα δε ωδε ως θαυματουργον δοξαζομεν καυχημα δε πατριδος ανδρακιας της σημπληρωσας ο βιος αυτου απας μετεστη ουρανοσε μετακληθει ενδοξως κατά το 500μ.χ ετος>>.
Το παρόν εγενετο δαπάνη Γ.Ι.Περιφανακη
Η μαρμάρινη αυτή πλάκα, όπως άλλωστε μαρτυρεί και η επιγραφή ,έγινε δωρεά από τον Γ. Περιφανάκη και κατασκευάστηκε στην Αθήνα περίπου το 1866. Μάλιστα λέγεται, ότι οι κάτοικοι του χωριού τη μετέφεραν από το Ηράκλειο στην εκκλησία πάνω στα χέρια τους για να τιμήσουν τον Άγιο. Κάτω από αυτήν την πλάκα βρίσκονται μερικά σκαλοπάτια που φτάνουν σε ένα χώρο στενό και εκεί βρίσκεται μια άλλη πλάκα που σκεπάζει ένα Μίκρο τάφο ,όπου μέσα του βρίσκονται τα ιερά λείψανα του Αγίου.
Για τον τάφο του Αγίου γνωρίζουμε από το βιβλίο της Ελένης Λιναρδακη ότι έγιναν απόπειρες παραβίασης του και μάλιστα από χριστιανούς. Συγκεκριμένα παλιότερα ,δυο άτομα, ο ένας λεγόταν Τζανάκης ,πήγαν και άνοιξαν τον τάφο με σκοπό να βρουν ένα μικρό κόκαλο για να κάνουν φυλακτά, εκμεταλλευόμενοι έτσι την θαυματουργή δύναμη του Αγίου. Μόλις όμως άρχισαν να ψάχνουν μέσα στον τάφο ,ακουστήκαν φοβερές βροντές και οι δυο ιερόσυλοι εγκατέλειψαν τρομαγμένοι το έργο τους. Ο ένας από τους δυο λέγεται ότι μόλις επέστρεψε σπίτι του πέθανε από αιμορραγία, ενώ ο άλλος τρελάθηκε και πέθανε τρελός ύστερα από λίγες ημέρες. Επίσης το 1867,όταν εφημέριος του ναού ήταν ο παπά-Μανώλης Καλυβακης, έγινε η δεύτερη ιεροσυλία στον τάφο του Αγίου. Λέγεται λοιπόν, ότι τότε, ένας από τους γιους του Πορτσή από το Πενταμοδι, ένα διπλανό στον Άγιο Μύρωνα χωριό, έβγαλε ένα από τα ιερά οστά του Αγίου και άρχισε να το χτύπα για να το σπάσει .Την ιδία στιγμή άρχισε να αστράφτει ο ουρανός και βροντές αναστάτωσαν το χωριό. Ο παπά-Μανώλης σκέφτηκε ότι κάτι συμβαίνει στην εκκλησία και έσπευσε μαζί με άλλους χωριανούς να δει τι συμβαίνει. Η εικόνα που αντίκρισαν ήταν τρομακτική.
Ο τάφος ήταν ανοικτός και μέσα σ αυτόν βρισκόταν ένα συμαντρο ,με το όποιο χτυπούσε το οστό ο ιερόσυλος , ενώ ο ίδιος ήταν νεκρός μέσα στον τάφο και το σώμα του ήταν λιωμένο. Σχεδόν μόνο τα κόκαλα είχαν απομείνει. Ο ιερέας και οι κάτοικοι του χωριού τον πήραν και τον έθαψαν ενώ έκαναν παρακλήσεις και λιτανείες τοποθετώντας το Άγιο Λείψανο ξανά στον τάφο του.
Κεντρική θέση μέσα στο ναό του Αγίου κατέχει μια μεγάλη εικόνα αφιερωμένη στον Άγιο. Δεν γνωρίζουμε τον δημιουργό της . Υπολογίζεται ότι φιλοτεχνήθηκε γύρω στον 16ο αιώνα και είναι θαυματουργή καθώς σε πάρα πολλές περιπτώσεις από τότε έως σήμερα; Μυροβλίζει και αυτή, όπως άλλωστε και ο Τάφος του Αγίου για τον οποίο έγινε ήδη λόγος.
Κεντρική θέση στην εικόνα κατέχει ο Άγιος Μύρωνας, ο οποίος κάθεται στον αρχιερατικό Θρόνο του,με τα χρυσά άμφια. Γύρω-γύρω στην εικόνα εικονίζονται μερικά από τα θαύματα του. Στην αριστερή πάνω γωνία φαίνεται η σκηνή που ο Άγιος βοηθά τους κλέφτες του σιταριού να σηκώσουν τα σακιά και η επιγραφή λέει << χριστομιμητον δεικνυων συμπαθειαν τοις τον σιτον κλεπτουσιν αρωγος εστιν>>. Στην πάνω δεξιά γωνία είναι η σκηνή που χειροτονείται επίσκοπος και η επιγραφή <<Σκεύος φανείς Πνεύματος του Πανάγιου της Κνωσσου Επίσκοπος χειροτονείται>>. Στην κάτω αριστερή γωνία φαίνεται το θαύμα του ποταμού Τρίτωνα με την επιγραφή: <<Στησας ραματα Τρίτωνα διαβαίνω, ως άλλος Μωυσής και Σοριτο Ελισσαιος>>. Στην κάτω δεξιά γωνία φαίνεται το θαύμα του Δράκου(για το οποίο θα γίνει λόγος παρακάτω) και η επιγραφή λέει: <<Τον νοκτου Δρακοντα πιστεί τροπωσας,του αισθητον δρακοντα πόρρω ελαυνει.>> . Τέλος στην κάτω μεριά στη μέση της εικόνας ο Άγιος κηδεύεται από πλήθος άλλων επισκόπων και η επιγραφή εξηγεί:<< Ληξασων φθαρτων αιωνια κληρουται.>>
Πολλοί είναι οι άνθρωποι οι οποίοι προσφεύγουν στη θαυματουργή αυτή εικόνα παρακαλώντας τον Άγιο να τους βοηθήσει. Αναφέρεται μάλιστα και ένα περιστατικό-θαύμα που χρονολογείται στην περίοδο της γερμανικής κατοχής .Τότε λοιπόν, μαζί με άλλους Γερμανούς εγκαταστάθηκε στο χωριό και ο Γερμανός λοχίας Αίφρεν. Ο λοχίας είδε στον ύπνο του τον Άγιο, ο οποίος υποσχέθηκε ότι θα τον βοηθήσει να επιστρέψει σώος στην πατρίδα του, αν δεν προκαλούσε κακό στους κατοίκους.
Ξυπνώντας έντρομος ,αναρωτήθηκε ποιος ήταν αυτός και όταν αργότερα πήγε στην εκκλησία ,με κατάπληξη, αναγνώρισε στην εικόνα του Αγίου τη μορφή που τον επισκέφτηκε τη νύχτα. Από εκείνη την ημέρα δεν ενόχλησε πλέον κανένα από τους κατοίκους, ενώ ο ίδιος εκκλησιαζόταν κάθε Κυριακή μέχρι την οριστική αποχώρηση των γερμανικών στρατευμάτων από το νησί .